集宁南站是京包线、集二线、集张线、集通线的枢纽，为集宁机务折返段所在地。以办理接发客货列车和专用线货车的取送作业为主，主要办理列车中转和部分列车的换挂，部分列车成组甩挂，并担当集宁和集宁南间小运转的解编任务。