南澳总兵府是南澳总兵的衙署，位于深澳镇大衙口。初建于明朝万历四年（1576年）。现在的建筑是1983年重新修建的。总兵府前现遗存有八千斤，六千斤土炮各一尊。总兵府右侧院墙上镶嵌着23块历代南澳保存的古碑，其中一块是中国较早的港务约法，一块税务碑，具有重要的历史文物价值。