莲峰庙相传始於明朝。据庙内碑文记载，该庙鼎建於清雍正元年(1723年)，后渐成今日规模。庙中主要供奉天后和观音。庙名起初称為天妃庙，后改慈护宫，终定為莲峰庙。 莲峰庙由中国官府和本澳商人出资共建，不仅可供民间祭祀，同时也作為赴澳公干的中方官员的驻节公所。著名的禁烟钦差大臣林则徐及两广总督邓廷楨1839年巡视澳门，即以莲峰庙作為接见澳葡官员之场所。故今莲峰庙外立有林则徐雕像及其纪念馆。