通程温泉的温泉水资源主要来源于面积为1300平方公里的燕山、沩山花岗岩岩基下180多米深的白垩系岩层断层内的低矿化度温泉，地下温泉水主要来源于大气降水，再通过深部循环呼吸地热而形成。