小陇山自然保护区是我国暖温带—亚热带过渡地区保存原始的森林生态系统地区，属于森林生态系统类型的自然保护区，是亚热带湿润气候区和暖温带的过渡带，为南北气候的分水岭。另外，这里还处于我国动物区系分界线，东洋界和古北界物种在此相互渗透分布并以此为过渡带进行南北扩散，过渡性非常明显。保护区内自然环境原始、独特，物种古老珍稀，生物多样性典型、丰富。小陇山还是我国羚牛秦岭亚种的西分布区和甘肃省境内羚牛秦岭亚种的广大分布区。