云南红河多歧苏铁自然保护区位于云南省红河哈尼族彝族自治州的东南部，地处元江（红河州内称红河）中游北岸，于个旧市、蒙自县、屏边苗族自治县、河口县之间，保护区东面是河口县，南面是金平苗族瑶族傣族自治县，东南是屏边苗族自治县，北面是个旧市和蒙自县，拟建自然保护区面积为31.95平方公里。