新贡嘎寺始建于公元十四世纪，由第二世贡噶活佛玛舍登巴所倡建。因当地古称康什扎，所以该寺起初被称作康什扎寺（意为三界闻名寺）。寺庙建筑在六巴乡（现改称贡嘎山乡）后面一座山的半山腰，后经历代贡噶活佛扩建，现在寺庙占地约四亩多。因为比老贡嘎寺晚建约一百多年，所以人们都习惯称六巴乡康松扎寺为新贡嘎寺，第二世以后的贡噶活佛大多驻锡在新贡嘎寺。 贡嘎寺是藏传佛教噶玛噶举教派（白教）的三大圣地之一【西藏楚布寺、德格八贡嘎寺（新贡嘎、老贡嘎）、木雅贡嘎寺】。在二十世纪初至五十年代，这里曾出现一位名震康藏的大班智达（藏区对精通藏学五明大学者的称谓）、大学者，他就是第九世贡噶活佛噶玛协珠·却杰生根。